AlphaFold 3：生命分子结构预测的革命性进展

AlphaFold 3的主要创新点是什么？

AlphaFold 3的最大创新之一是采用了AI绘画中常见的去噪扩散模型，直接生成每个原子的3D坐标，从而以前所未有的精度预测所有生命分子的结构和相互作用。

AlphaFold 3的预测准确度如何？

AlphaFold 3在不输入任何结构信息的情况下，预测准确度比现有方法提高了50%，对于部分相互作用类别甚至提高了1倍。这使得AlphaFold 3成为首个超越基于真实生物分子结构预测工具的AI系统。

AlphaFold 3如何改进其架构和训练过程？

AlphaFold 3在架构和训练过程上有很大改进，包括简化遗传特征编码器(MSA module)，引入成对残基关系编码器(Pairformer)，以及改变结构生成器的工作方式，直接预测原子坐标。此外，还引入了一种新的交叉蒸馏方法，通过AlphaFold-Multimer v2预测的结构数据来丰富训练数据。

AlphaFold 3在哪些方面展现了惊人的泛化能力？

AlphaFold 3即便在训练数据极度匮乏的领域，也展现出了惊人的泛化能力。例如，在CASP15的RNA预测任务中，它在10个公开靶点上的平均表现超过了专门的RNA结构预测模型，尽管几乎没有RNA训练数据。

AlphaFold 3存在哪些局限性？

AlphaFold 3并非完美无缺，例如在对映异构、自相互作用等方面存在一定局限性。此外，它目前专注的是分子结构的静态预测，对动力学行为的刻画还不够。对人工合成分子的适用性也有待考证。

AlphaFold 3的商业化进展如何？

2021年AlphaFold一代推出后，谷歌DeepMind积极为其寻找商业化途径，并成立了Isomorhpic Labs公司。虽然以谷歌DeepMind的名义新推出了免费的AlphaFold Server，但科学家对AlphaFold 3服务器的访问是有限的。Isomorphic Labs正在使用AlphaFold3通过自己的管道或与其他制药公司合作开发药物。